染色质免疫共沉淀实验（ChIP）因其能真实、完整地反映结合在DNA序列上的靶蛋白的调控信息，是目前基于全基因组水平研究DNA-蛋白质相互作用的标准实验技术。

       ChIP是相对成熟的技术，但目前还存在一些技术难点。例如，ChIP实验涉及的步骤多，结果的重复性较低，需要大量的起始材料；染色质免疫沉淀获得的DNA数量往往很多，包含大量的非特异结合的假阳性结合序列。

       因此在实验设计以及实验操作当中需要注意几个关键点来提高实验的成功率：

       1，确认蛋白是否为核定位

       2，摸索处理或刺激细胞的时间和浓度，必要的时候进行多时间点、多浓度的梯度摸索

       3，每次实验都是用相同数量的细胞，保证重复性

       4，严格控制甲醛交联的浓度和时间，避免交联过度导致非特异结合

       5，摸索最佳的超声条件，DNA片段化至200bp-1kb

       6，选择磁珠和严格ChIP验证的抗体进行免疫沉淀

       7，使用纯化柱来纯化DNA，避免污染

       8，设计合适的对照，Input、IgG、无抗体对照

ChIP一般流程

       目前广泛使用的ChIP实验试剂盒，通常需要2-3天的时间完成一次完整的实验，简易流程如下：

第一天：

       甲醛固定细胞→收集细胞，超声破碎或酶解法破碎细胞→加入目的蛋白的抗体，与超声后的靶蛋白-DNA复合物相互结合，过夜孵育；

第二~三天：

       加入Protein A Agarose，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，并沉淀→对沉淀下来的复合物进行清洗，除去一些非特异性结合→洗脱，得到富集的靶蛋白-DNA复合物→解交联→纯化富集的DNA-片断→qPCR分析。在qPCR分析这一块，比较传统的做法是半定量-PCR。但是现在随着荧光定量PCR的普及，使用qPCR更能定量地反映实验结果。

ChIP流程图

但是

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技术优势

       1. 完善的实验平台：全进口的仪器试剂，高标准甲醇交联、Bioruptor 超声打断；

       图1仪器：紫外分光光度计

       图2仪器：超高灵敏度化学发光成像系统

       图3仪器：蛋白垂直电泳仪

       2. 专业的实验流程：特有的 ChIP 优化流程，个性化实验方案；

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