试剂、试剂盒         

Taq 聚合酶溶于水的 DNA引物

仪器、耗材    

热循环仪

实验步骤     

   

一、材料

 

1. 酶和酶缓冲液

 

Taq 聚合酶

许多 Taq 聚合酶都可以用；作者发现 Roche 公司的 Taq 聚合酶可以满足大多数需要. 如果需要提高PCR 产物的特异性，应该使用热启动聚合酶。使用 Tag 聚合酶本身附带的缓冲液。

 

2. 核酸和寡核苷酸

 

（1）溶于水的 DNA

 

如果 DNA 在 TE 中，应该在 PCR 反应混合物中添加 MgCl2. 如果用从石蜡包埋的组织中纯化的DNA 做模板，选择的 STR 标记的大小应该是 78~250bp, 因为这些 DNA 模板的完整性不定。

参照 DNA 可以从外周血组织或者非恶性组织中纯化获得。对于白血病，則难以获得肿瘤 DNA 的合适的参照 DNA。因此，使用从患病期间和痊愈之后的血液中提取的 DNA 作参照进行分析。

肿瘤 DNA。很难避免非恶性细胞对肿瘤组织的污染。对肿瘤组织进行显微解剖是避免污染的一种途径，但是该过程费时，而且产量低（参见第 11 章）.

为了保证获得 LOH 分析的信患，应该分析大量的样品。因此，纯化过程必须是可靠的，可重复的，保证可以从大量的样品中提取出高质量的 DNA。—种评估肿瘤 DNA 质董的方法就是利用一部分样品，使用 STR 对已经确定的特异类型的肿瘤染色体上的 LOH 进行分析。

（2）引物

 

重要的一点就是细心地选择荧光基团以确保在所用的电泳仪器上能被检测到。例如，绿色的 TET 就不能在 ABI3100 仪器上使用。

标记的引物储备液可以保存在-20°C, 稀释之后的工作液可以在 4°C 保存. 放置黑盒中避光。

 

3. 专用设备

 

热循环仪

 

二、方法

 

1.在 0.2 ml 的离心管中，加入以下试剂。

 

DNA(溶于水）                              10~20ng

 

引物（每一种）*                           1pmol/L**

 

dNTP 溶液                                      250umol/L

 

Taq 聚合酶缓冲液                           1X

 

Taq 聚合酶（Roche)                       0.18U

 

H20 加到                                          6ul***

 

*每一标记组的毎一种引物分别被一种荧光基团标记.

 

**1.5~2.0pmol 的引物适合于许多反应。

 

***10ul 的终体积用于带有热盖的 PCR 仪上（样品上层不加矿物油）。

.使用下面通用的 PCR 扩增程序进行 PCR 操作。

 

3.在琼脂糖凝胶上分析 3ul 的 PCR 产物。如果使用了新的引物，应用琼脂糖凝胶电泳分析 PCR 产物。在毛细管电泳之前，从 96 个样品中随机选择几个 PCR 产物进行分析。

 

4.如果在不同的退火温度下都没有得到 PCR 产物，那么在数据库中査看标记内部的CG 含置和特异的 CpG 岛。大董的 STR，特别是三核苷酸的 STR, 仅由 C 和 G 组成。当PCR 富含 GC 片段时，如第 5 章所述加入甜菜碱和 DMSO。

此文转载来源：丁香通