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一种简单有效的降低 RNA 3'端异质性的转录方法

2 5'端的核苷酸进行核糖基 C2-甲氧基修饰。用修饰过的引物 PCR 扩增得到的 DNA 仍可降低 N+l 活性,由于 PCR 可以产生几个 kb 的长模板,因此可以制备少异质性的 RNA


实验材料         


8umol L 顶链 8umol L 底链5'末端 2 个核苻酸进行甲氧基修饰


试剂、试剂盒         


20X 缓冲液 NTP 混合物 lmol LNaOH 聚乙二醇 8000 0.5mol LMgCl2 1mol L 谷氨酸钠 T7RNA 聚合酶 载样缓冲液


实验步骤

        

一材料与设备

 

1)8umol/L 顶链

 

2)8umol/L 底链,5'末端 2 个核苻酸进行甲氧基修饰

 

3)20X 缓冲液:800 mmol/LNaCl.20 mmol/L 精胺,100 mmol/LDTT0.2%TritonX-100(pH8.l)

 

4)NTP 混合物,各 80mol/L, 1mol/LNaOH PH8.1

 

5)lmol/LNaOH

 

6) 聚乙二醇 8000,400 mg/ml

 

7)0.5mol/LMgCl2

 

8)1mol/L 谷氨酸钠 (pH8.l)

 

9)T7 RNA 聚合酶。

 

10) 载样缓冲液:8mol/L 尿素,lmmol/LEDTA0,1% 一甲苯青 FF0.1% 溴酚蓝

 

 

二、操作方法


1) 在灭菌微量离心管中混合下列物质:

 

8umol/L 顶链 (终浓度 400nmol/L)                             1ul

 

8umol/L 底链(5'端 2 个核苷                                 1ul

 

酸甲氧基修饰,终浓度 400nmol/L)

 

20X 缓冲液                                                              2ul

 

NTP 混合物                                                            2ul

 

聚乙二醇 8000                                                        5ul

 

0.5mol/LMgCl2                                                    1.12ul

 

1mol/L 谷氨酸钠                                                     1ul

 

T7RNA 聚合酶                                                        1ul

 

加无核酸酶的水至总体积为                                    20ul

 

2) 37℃ 反应 lh

 

3) 加载样液,变件聚丙烯酰胺凝胶电泳纯化回收,保存于一 20


注意事项        


1) 标准体系是 20ul 但每种成分可按比例放大体系,以增加转录物的量

 

2) 一般来说,NTP 的摩尔数与 Mg2+的庠尔数比例为 1:1.75, 但此比例可能需要优化。

 

3)对于某些模板,谷氨酸钠可以提尚转录产物的回收率。


来源:丁香通

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