目的：应用16S rRNA高通量测序法测定几种常用实验动物（西藏小型猪、比格犬、猕猴、新西兰兔、Wistar大鼠）的口腔菌群，并和人的口腔菌群进行对比分析，为口腔微生态的动物模型研究提供基础性资料。

方法：用一次性棉拭子采集西藏小型猪、比格犬、猕猴、新西兰兔、Wistar大鼠和人的口腔菌群标本，提取样品总DNA，使用带标签的通用引物扩增16S rRNA V4区片段，Illumina测序，经BIPES以及QⅡME分析比较菌群多样性及结构。

结果：人与5种常用实验动物口腔菌群的丰富度均差异显著（P<0.05），不同种类动物有其各自独特的口腔菌群，但猴的口腔菌群与人最为相似。

结论：根据与人口腔某类菌群的相似程度，5种动物中，猴口腔的梭菌属（Fusobacterium）、卟啉菌属（Porphyromonas）水平与人最相似，提示猴可能是研究人口腔菌群较适宜的模型动物。从特定菌门角度，西藏小型猪可能是研究与变形菌门（Proteobacteria）相关疾病的较适宜模型动物；比格犬可能是研究与螺旋体门（Spirochaetes）相关疾病的较适宜模型动物。